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【デジタル版限定！巻末に描き下ろし特典イラスト付き！】一瞬にして世界中すべての人間が石と化す、謎の現象に巻き込まれた高校生の大樹。数千年後――。目覚めた大樹とその友・千空はゼロから文明を作ることを決意する!!　空前絶後のSFサバイバル冒険譚、開幕!!

火薬作りを進める千空・大樹・杠。そんな中、突如彼方から上がった煙。千空は他の人間の存在を確信し、リスクを承知で狼煙をあげる。一方、火薬作りを阻止しようと千空を追う司が迫り、絶体絶命の危機に…!?

コハクの村にやってきた千空は村人たちを仲間にしようと目論む。手始めに科学対決を制し少年を助手にゲットした千空は、コハク姉の病を治そうと万能薬開発に乗り出す。科学王国を興すための挑戦が始まる!!

万能薬・サルファ剤を作るため、科学ロードマップを突き進む千空たち。中でも最難関の物質・硫酸を取りに決死の覚悟で超危険地帯へ向かう！　一方、村では長の座をかけた武術大会『御前試合』が近づき…!?

『御前試合』が開幕！　千空率いる科学王国チームの初戦は金狼対マグマ。近眼の金狼は間合いをとられ苦戦するが、“科学の目”を身に着けると途端にマグマを圧倒し…!?　千空たちは科学の力で優勝を目指す!!

人類石化後の地球に帰還した千空の父・百夜。数千年の時を超え息子へ遺したのは…。一方、司帝国の刺客による襲撃を受けた千空たち。緊急事態の中、村を守るため最強の武器“科学の刃”の開発に取り掛かる!!

レアな鉱石素材を手に入れようと千空・クロム・マグマは洞窟探検へ出発する。待ち受ける自然のダンジョンを乗り越えお宝に辿り着くことができるのか!?　そして現代戦最強の武器・ケータイ作りは遂に佳境へ!!

司帝国に潜入したクロムたちによって、秘密裏に帝国内でケータイが開通！　最初の電話の相手は!?　一方、自動車開発に挑む千空たち科学王国はその過程で蒸気機関を製作し、石の世界（ストーンワールド）で産業革命を巻き起こす!!

科学王国と司帝国の戦いは最終決戦へ！　千空たちは一丸となって奇跡の洞窟争奪戦に挑む。戦いの行方はたった20秒の奇襲に懸けられ…!?　科学と力どちらが人類を導くのか――。運命のカウントダウンが始まる!!

氷月の裏切りを受け、千空と司は共闘を決意！　奇跡のタッグで氷月に立ち向かう!!　一方、石化現象の謎を突き止めようと世界進出を企てる千空たち。大海原へ出るには船と船長が必要で!?　いざ大航海時代へ!!

気球探索によりお宝素材のマップを得た千空たちだが、村人増加で食糧問題に直面する。“おいしくて長期保存できるパン作り”で食糧革命を目指す！　一方、試験的に小型船で海へ出た千空に衝撃の出会いが訪れ!?

千空と龍水が主導し、科学王国が総力を挙げて造る科学の船が遂に完成!!　石化の秘密に迫り人類を救うため、選抜メンバーと共に世界を目指し航海に出た千空。最初の目的地は、神アイテムが眠るという“宝島”で!?

島の後宮にコハクを潜入させ、頭首が持つ石化武器の入手を狙う千空たち。科学でコハクをモテ女子に大改造しようと船の研究所（ラボ）奪還へ動き出す。島の強者たちが船を監視する中、奪還成功の切り札が船の中に!?

復活液∞生産マシーンの完成により、千空たちは石化王国に反撃すべく、仲間の奪還へ動き出す！　その足掛かりにドローンを作りたい科学王国は神腕職人カセキの復活を狙うが、最初に帰還したのはあの男で!?

科学王国の仲間が続々復活し、石化装置奪還に向け本格始動する千空たち。科学の装備を揃え、石化王国、モズとの三つ巴の最終決戦に臨む!!　だがそこには思わぬ落とし穴が!?　宝島編、遂にクライマックス!!

石化王国vs科学王国の戦いは、千空vsイバラの一騎討ちに!!　仲間達の想いを繋ぎ、千空は石化装置を手にできるか!?　そして、彼方から届く声“ホワイマン”をめぐる衝撃の事実が、科学王国を新たな冒険へと導く!!

アメリカを目指し大海原へ漕ぎ出した科学王国船!!　だが、船の針路を巡り千空と龍水が早くも対立、譲らない2人はガチンコ勝負に!!　勇気、結束、科学力…全てが試される航海の末に、新大陸で待ち受けるのは!?

科学王国vs科学王国!!　千空とDr.ゼノ、2人の科学者の対決は、敵軍の科学リーダーを狙う速攻戦に!!　Dr.ゼノの意外な正体と千空との奇縁が明らかとなる中、狙撃手（スナイパー）スタンリーの凶弾が秘かにペルセウス号に迫る!!

Dr.ゼノ捕縛へ、それぞれの場所で必死のクラフト作戦を続ける科学王国メンバー!!　一方の敵側でも驚愕の“秘密兵器”の開発が進んでいた!!　前代未聞の科学対決は、天・地・水上の覇権を奪い合う緊迫の展開に!!

千空とDr.ゼノ、“石の世界（ストーンワールド）”最高の科学者2人が人類石化の発生源特定へ奇跡の共闘!!　南米の海・陸を猛追する、スタンリーの魔の手をかわし、“始まり”の秘密に迫れ!!

石化の“爆心地”を目指す南米横断レースはアマゾンの大密林へ！　大災厄の始まりの地で千空たちが目にする、悪意に満ちた悍ましき光景とは…!?　アマゾン最奥の“石の聖地（ストーンサンクチュアリ）”で、スタンリーとの最終決戦が迫る!!

追跡者スタンリーとの最終決戦!!　石化装置（メデューサ）起動に一縷の望みを懸け、決死の抗戦を試みる科学王国だが…!?　傷つき、倒れゆく仲間たち。最後の刻が迫る中、少年たちが命運を託すのは――あの忌まわしき光!!

復活を遂げた千空により、石化が解かれた科学王国メンバー。その過程で明らかになる、石化に秘められた人類最大の禁忌とは!?　全ての元凶ホワイマンの謎を暴く月面着陸計画が、全世界を巻き込み再始動する!!

月面着陸に向け、最難関のコンピューター作りに挑む千空たち！　鍵を握るのは、天才プログラマー・SAIと龍水の兄弟の絆!!　ロケット製作が着々と進む中、千空の悲壮な決意が明かされ、科学王国に衝撃が走る!!

ホワイマンの居場所を突き止めるべく、人工衛星のクラフト開始！　打ち上げロケットの開発は困難を極めるが、科学者2トップ千空＆ゼノの心は折れない!!　一方、密かに月面往復の道を模索するクロムたちは…!?

全人類石化から幾千年、かつて父が目指した宇宙へついに到達した千空!!　月面着陸作戦を展開するが、予期せぬ事態に…!!　ホワイマンの正体とは!?　人類の運命は!?　驚異の超大スケールで描く科学冒険記、堂々完結!!