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友人達によって、学校の倉庫に閉じ込められてしまった高校生・天宮晴輝と、そこに居合わせた少女・磯波きらら。ただのいたずらのはずが……、なぜか開かない扉。二人は三日に及ぶ苦闘の末、どうにか倉庫を脱出した。ところが、外の世界は一変。人を襲う“保菌者”によって、町は埋め尽くされていた!!

ある日、突如として変貌し、人を襲いだした者達。“保菌者”と呼ばれる彼らに噛まれると、原因不明の何かに感染して死ぬ。友達に襲われ、愛する者が死んでいく……。高校生・天宮晴輝は、友人達と共に安全地帯・川内地区を目指す。しかし、その道のりは大量の“保菌者”によって埋め尽くされていた……!!

人を襲う“保菌者”へと変貌した人々……。彼らに噛まれると、何かに感染し、確実に死ぬ。安全地帯である川内地区へと辿りついた高校生・天宮晴輝。ただ護られているだけでは、愛する者を護れない。晴輝は消防隊に特別に加入し、“保菌者”制圧作戦に参加することに。ところが、作戦中に不測の事態が発生し、晴輝達は命懸けの緊急作戦に突入する!!

“保菌者”の出現により、未曾有の混乱に陥った仙台。“保菌者”は巨大で異様な姿へと変貌し、人間の力を遥かに超えた怪力で再び人々を襲い始めた。市民を救うため消防士となった晴輝は、事態収拾の鍵を握る半沢教授の救出作戦に参加する。だが、そこで出会ったのは半沢教授と、悪女・榎並だった!!

圧倒的な力を誇る新型“保菌者”の出現により崩壊した避難所。謎の遠吠えにより、動きを止めた新型“保菌者”だったが、それは次なる大禍への凶兆だった。感染し、死んだ者達の傍で膨張し、爆発した新型“保菌者”。次の瞬間、感染者達が蘇り、なんと人々を襲いだした!!　少しずつ逃げ場を失っていく市民達。ただ生きることが、今は一番難しい……。

大量の銃火器を持って現れた高木と合流し、崩壊した避難所を脱出した晴輝達。旅館に籠って銃の訓練を行っていたその最中、紗月から悲鳴の電話が──。綿密な作戦を立てて、別の避難所にいる紗月の救出に向かう一行。そこで出会った避難所の人々の言葉は、なぜか嘘で塗り固められていた。渦巻く思惑の闇に呑まれ、もはや紗月の生死さえ、不明。

紗月達の前に現れた“メット”。超人的な身体能力を持ち、知性を備え、銃を操る、謎の保菌者。その脅威から逃れ、紗月は三人の仲間と一人の赤ん坊と共にアパートに立てこもることに。共に危機を越え、「保菌者」達と戦うため結束を強める紗月達。しかし、油断は禁物。「人間」だからといって、信用できるとは限らないから──…。

進化を続ける驚異の保菌者“メット”から逃れ、赤ん坊を抱えながら麗、晴輝達との合流場所である廃校を目指す紗月。保菌者だらけの町で、明らかに足手まといの赤ん坊…。意を決した紗月は、晴輝に電話をかけ「これから一人でメットを倒しに行く」と告げる。たった一人の絶望的な戦いの行方は……。

進化する保菌者“メット”は液状化し、沈黙した。謎は残るが、ひとまず難を逃れた晴輝達は安全地帯であるホテルに辿りつく。豪華な宿泊施設に驚く一同。晴輝は束の間の休息を満喫しようとするも、きらら、紗月、らぎ姉の間で晴輝を巡る戦いが勃発！ 乙女達が晴輝との距離を縮めるためにあの手この手で襲い掛かる！？

地下研究所を訪れた晴輝。そこで目にしたのは自分の父、天宮教授のグループと、それを敵視するグループとの対立だった。対立グループから、いやがらせを受ける小鳥や子供達に安全地帯への避難を提案した晴輝だが、小鳥はそれを断り、ここに残るという。対立の圧力が高まる地下研究所に不穏な気配が立ち込める！

感染者の襲撃を受け犠牲者が出た地下研究所。その手引きをした犯人を捜す会議が紛糾するなか、小鳥の明察により、真犯人が写るカメラの存在が明るみに。全員がその画像解析を見守る横で、不敵な笑みをたたえた榎並が口を開く…。そして、遂に訪れる運命の再会──。保菌者騒動解決に向け事態は急変！？

香里によって明らかにされた保菌者騒動の原因と対処への道筋。政府もまた螢を中心に自衛隊による隔離地域突入へと動きを進める。非日常は終わる━━そう感じた晴輝はきららに告白。きらら一人と付き合う日常を選ぶ。だが紗月とらぎ姉…晴輝を想う二人対し、どんな言葉をかけるのか？ いまだ答えは見えない。

自衛隊による保菌者の殺害を認める法案…感染症緊急対策法が国会で成立すると報じられる。保菌者騒動終結が現実のものとなった秋保では、非日常を終わりにすべく晴輝は、きらら一人と付き合おうとしていた。だが…紗月とらぎ姉の苦しむ姿を目の当たりにし、道を踏み外す決断をする！　一方、法案審議が始まった国会では“敵”の仕掛けが…。

高校生・天宮晴輝の住む町は、ある日突然、人を襲う“保菌者”によって埋め尽くされてしまった…。蠢く大量の“保菌者”から逃げ切れるのか！？　絶望的サバイバル、開幕！　変わり果てた人間が町を襲い、変わり果てた町が人を阻む！！　いつもの道を、命を懸けて駆け抜けろ！

秋保を脱出し日常を取り戻す！　そのために動き出した晴輝達。だが計画の前日…天宮螢は国会爆破の容疑をかけられ、銃弾を浴びてしまう。迎えた脱出当日、晴輝は不穏分子処刑のため高木譲のもとへ向かう。しかし、その真の目的は友人である高木の命を救うことだった。それに対し高木は警告する…秋保は犯人が作り出した“実験場”であると。

秋保脱出作戦当日──「秋保は犯人の実験場。天宮螢からの電話は犯人に乗っ取られている」。高木譲は晴輝に衝撃の事実と犯人打破の僅かな可能性を語り、自ら命を絶った。同じ頃、道の駅駐車場では新たな感染者が続出。また小早川の裏切りにより、毒ガスが自衛隊を襲う…。犯人側の仕掛けに対し、晴輝はリーダーとして皆を守れるのか！？

脱出作戦当日──自ら動き出した犯人は秋保に姿を現す。蓮華は倒され、神城も行動不能に陥ってしまう。ホテル岩戸駐車場では明石、関と山田が奮戦。道の駅駐車場でも轟とながみの力で、なんとか耐えしのいでいた。脱出路確保のために皆と別れた晴輝は、海兵隊の排除を決断する。目の前の敵は保菌者ではない…人を殺さなければいけない状況に晴輝は……。

脱出作戦当日──海兵隊に包囲される道の駅駐車場組。轟は“二心同体”でエリックを抑え、ながみが一人保菌者と戦っていた。だが保菌者は進化を続け…３体の強力な個体がながみを襲う！　救援に向かう晴輝も、強烈な蹴りを放つ新型保菌者に追い詰められていた。人々の情報を得て、進化を続ける保菌者。秋保という“実験場”から逃れられるのか!?

脱出作戦当日──更なる進化を遂げた保菌者に対し、晴輝・ながみ・山田が覚醒。圧倒的な強さを見せ保菌者を倒した。晴輝はらぎ姉と合流し、きらら救出のため道の駅駐車場に急行する。その道の駅駐車場ではエリックの“奥の手”が高木により発動。最強の保菌者“メット”が誕生してしまう。神城を欠いた人類は、難敵メットに対抗できるのか…!?

脱出作戦当日──海兵隊に包囲される道の駅駐車場組。轟は“二心同体”でエリックを抑え、ながみが一人保菌者と戦っていた。だが保菌者は進化を続け…３体の強力な個体がながみを襲う！　救援に向かう晴輝も、強烈な蹴りを放つ新型保菌者に追い詰められていた。人々の情報を得て、進化を続ける保菌者。秋保という“実験場”から逃れられるのか!?

隔離地域からの脱出…多くの人間を送り出した晴輝達。だが姿を現した犯人により、轟が最強の進化生物に変えられてしまう。追い詰められた晴輝達を救ったのは、死んだはずの神城!! そして神城は犯人の正体を告げる…それは晴輝にとって衝撃の名前だった。脱出組と分断され、らぎ姉は犯人の手により感染。絶望的な状況で晴輝はもがき続ける!?

巨大な香里像から発せられた犯人のメッセージ。感染は遂に世界に拡大し、各地で感染者が人々を襲い始める。隔離地域の中で情報を遮断され、世界の情勢を知らぬまま彷徨う晴輝。一方…山形に脱出した紗月は、晴輝を救い出すため動き出す。「天宮隊長の後を託された」。そう大ウソをついた紗月は、隊長代行として、保菌者排除に乗り出すが……。

世界へと拡散した感染。晴輝を救うため隊長代行だと嘘をついた紗月は、その言葉と作戦で皆の心をつかんでいく。「雪玉作戦」は一晩で東北全域を安全地帯とすることに成功した。一方、金平総理の前には死んだはずの天宮螢が！ 仲間の力を借りて危機を脱し、犯人を倒すため３つの作戦を提示する。その鍵となるのは…隔離地域の天宮晴輝!!

犯人打倒の鍵となるのは天宮晴輝！　天宮螢の仮説を聞いた紗月は、晴輝救出に隔離地域へと向かう決意をする。一方、隔離地域の山中で姉と身を潜めていたきららは、米軍から「晴輝が狙われている」という情報を聞き、心が揺れ始める。そして、香里が託した情報エネルギーを取り込んだ晴輝！ 悶え苦しみ続けるその先に待つのは…！？

目覚めた天宮晴輝は「情報エネルギー」が見え、使えるようになっていた。そして香里のメッセージで、犯人を倒す方法を知る。敵の科学力を超えるには、４つある「情報エネルギーの扉」を開けばいい！ 晴輝は扉の鍵を持つ人間を探し、再び動き出す。一方…紗月は晴輝救出のため、自衛隊と隔離地域に突入。熾烈な戦闘が開始されていた！

「保菌者騒動」終結の鍵を握るのは天宮晴輝！　その救出に紗月と自衛隊は隔離地域へ向かう。だが…そこに待ち構えていたのはエリックの罠だった。碇を始め仲間達が続々変異体へと変化、劣勢を悟った紗月は撤退を指示する。しかし「翼の変異体」明石と「最強の変異体」轟の参戦で、その目論見すら破綻…山田は轟に倒されてしまう！