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バスケ大好きな中学3年生の緒方ナツキは、高校バスケの名門、藤ノ原学院の選抜試験を受ける。その帰り道、藤ノ原と試合をする聖マリアンヌ高校バスケ部のマネージャーと知り合い、見学をさせてもらうことに！　ナツキの高校バスケの第一歩が今、始まる！

ついに始まった市民大会！　初戦の相手はナツキの旧友たちがいる笹谷北高。再会を楽しみにしていたナツキは彼らを見つけて声をかけるが、返ってきたのは「弱小校で天狗になってんじゃねーよ」という冷たい言葉だった…！　誤解を解くため、ナツキは一人奮闘するが…！

市民大会3回戦、聖マリアンヌは常勝校の藤ノ原学院と対決！　注目の第1クオーター、藤ノ原のスタメンは1年生のみ。聖マリアンヌも1年生主体で対抗し、藤ノ原を圧倒！　ついに特待生・前田を引きずり出した！　注目の第2クオーター、前田を中心にした組織プレーで臨む藤ノ原の猛攻開始！

藤ノ原との激戦を終えたナツキ達は、試合を観戦していた市長の計らいでインターハイまでの1か月間、合宿をすることになった。しかし、合宿先のコーチと思われる住職に「バスケなんぞ教えたこともなけりゃやったこともねぇ」と言われてしまう。他に人も見当たらないこの場所で、いったいどんな合宿をするのか!?

打倒・藤ノ原を目標に、山寺で強化合宿中の聖マリアンヌバスケ部。古武道の修行もしだいに成果が現れるが、ナツキは一人悩んだ様子。見兼ねた真田は肝試しを提案するが、その最中も、うわの空のナツキは、水希と共に崖へと足を滑らしてしまう。

練習試合で古武道の成果を確信し、高校総体予選に向けて、ますます練習に力の入るナツキ達。しかし、片山が連れてきた新入部員のクリストファー・ナイトは、古武道バスケを馬鹿にし、練習にも出てこない。しかし、チームがバラバラなまま、予選の日が来てしまう!!

王者・藤ノ原への挑戦権を賭け、県下No.2の鳳呈高校と激突!!　しかし、守備の要になるはずのクリスが、バスケ自体を拒否。説得のためにナツキまで飛び出し、聖マリアンヌは大ピンチに！　かつて鳳呈でレギュラー確実だった片山が、二人が来るまで全力で立ち向かうが…？　高校総体編・クライマックス!!