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偶発的事故により研究所から逃げ出した、突然変異体の少女「にゅう」。全裸状態で流れ着いた浜辺でにゅうはユカとコウタに遭遇。家にかくまわれるが再び逃げ出す。研究材料のにゅうを失った蔵間は特殊部隊SATに捜索を依頼。人間兵器と呼ばれるSATの坂東はにゅうを発見するが恐ろしい事態が…！

「にゅう」をかくまうコウタとユカだが、二人の間に微妙なすれ違いが生じる。幼い頃の記憶をなくしていたコウタ。その原因は過去の悲惨な事故にあったが、コウタはそれすら覚えていない。一方、戦闘でにゅうと接触した坂東は蔵間から去勢手術を告げられる。蔵間はにゅうの捕獲にディクロニウスのナナを送り込むが……！

にゅうに敗れウィルスに感染してしまった坂東は蔵間に去勢手術を命じられるが、逆にディクロニウス研究の大家・角沢教授に裏取引をもちかけられ手術から逃れる。その角沢教授の講義に出たコウタとユカだが、一緒に連れて行ったにゅうの正体を教授に見抜かれてしまう。角沢に丸め込まれにゅうを手放すコウタとユカ。角沢は麻酔で眠らせたにゅうとの生殖行為を試みるが、予想を超える恐るべき悲劇が起こるのだった……！

角沢の死体を見たコウタはその頭ににゅうと同じ角を発見するが、彼女はすでに現場から消えていた。行方不明のにゅうを探しに出かけるユカとコウタだが、雨宿りした休憩所でただならぬ雰囲気になってしまう。時を同じくして坂東は最新式の義手を手にいれるが、去勢手術からは逃れ、一人にゅうを追う。角沢教授を殺害し研究室を逃げ出したにゅうは麻酔の後遺症で過去を思い出し始める。そして、彼女の過去にはコウタが絡んでいた！

過去を思い出したにゅうはコウタの元を出て行こうとするがコウタの優しさにふれ、再び楓荘で暮らし始める。一方、角沢長官から処分命令が出ていたナナを蔵間は研究施設から逃がしてしまう。たどりついた先で坂東と出会ったナナは共通の敵・にゅうを探すため意をともにする。そして楓荘の住人・マユと偶然出会ってしまったナナは楓荘にやってきてにゅうの気配を感じてしまうのだった！

ナナに殴りかかられ、意識を失ったにゅうを看病するコウタ。にゅうは幼少時代のコウタとの楽しい記憶を取り戻し、コウタにつたない言葉で愛を告白する。その頃、研究所ではルーシーを取り戻すため最強のディクロニウス・35番を解放する。35番は蔵間が殺したはずの実娘であった。楓荘に住み始めたナナは海岸で坂東と出会うが、つかみかけた幸せを壊さないためにルーシーの居場所は明かさない。そこへ強大な力を持つ35番・マリコが現れ、ナナは瀕死の状態に追い込まれる！

実娘・マリコがディクロニウスと知りながら処分をためらってきた蔵間は、「にゅう」捕獲のために最終兵器として角沢長官により送り込まれてきたマリコと遭遇することになる。ナナや坂東を巻き込んだ凄絶な戦闘の果てに蔵間は我が子・マリコを抱きしめる。父親への愛を取り戻すマリコ。だが、蔵間は油断したマリコと共に自爆する覚悟だった。そこに打ち込まれるハープーンミサイル。しかし、爆心地に残されたのは意外な結末であった…！

人類支配をたくらむ角沢は愛娘・アンナを手術で巨大化させ特殊な能力で未来を予知させる。その結果に喜ぶ角沢だが、アンナの表情は微妙だった…。角沢はルーシー＝にゅうを手に入れるため、荒川とともに謎の男を送り出す。男は特殊なレーダーで楓荘にディクロニウスの存在を確認し、マユとナナが残る楓荘に上がり込む。残酷無比な男の前に平和な楓荘が鮮血に染められていくのだった…！

ついに遭遇してしまった坂東とルーシー＝にゅうの決戦は、マユをかばった坂東の死によって決着する。その後姿を消したルーシーの行方を知ろうと研究室の荒川を訪ねたコウタだが、逆に尾行され楓荘のありかを突き止められてしまう。一方、長官の刺客・能宗はディクロニウスの脊髄から4体のマリココピーを作り出していた。命令とあらば自らの命さえ投げ捨てる絶対服従のコピーたちとともに、能宗はルーシー捕獲に乗り出すのだった…!!

科学者・能宗と彼が率いる数体のディクロニウスは、ルーシー捕獲のために楓荘を襲撃する。しかし皆を守るために抵抗したコウタが致命傷を受けたことを機に、ルーシーが暴走、能宗の予想をはるかに上回る攻撃力で彼らを圧倒する。そしてなんと、瀕死の状態から目覚めたコウタは、失われていた忌まわしき記憶を取り戻していた。幼き日に、妹カナエがルーシーに殺された記憶を…。悲劇はいよいよ加速する!!

囚われのルーシーは角沢長官から角が生えた一族がいかに人類に差別を受けてきたか、その呪われた歴史を聞かされる。そして長官はルーシーを仲間に引き入れようと衝撃の真実を明かすのだが…!?　一方、人類存亡の鍵を握る荒川は、崩壊寸前の研究所内から脱出を試みる。しかしそこには殺意を抱いた大群のディクロニウスが蠢いていて…!!　予測不能の急展開が待ち受ける！

角沢長官の人類滅亡計画は島とともに崩れ去った。島からルーシーが流れ着いた地に待つのは、傷を負ったコウタ。この再会が、最後の悲劇のはじまりを告げた…。はかなく、弱く、小さなものたちの願いは、いま人類の存亡をも巻き込んで壮大なエンディングを迎える。今世紀最大の問題作、ついに、ついに感動のフィナーレ!!