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実は魔法使いである10歳のネギが、修行として女子高の先生に!!　31人のお姉さまたちとのドキドキスクールライフにネギはたじたじ!?

期末テストのクラス成績が最下位だと、2-A解散＆ネギ先生がクビ!?　このピンチを乗り切るため、読むだけで頭がよくなる「魔法の本」を探しに、バカレンジャー＋このか＋ネギは「図書館島探検隊」を結成!!　それぞれの運命を懸けた大冒険が始まる!!

A組も3年に進級!!　正式な担任になって、クラスのみんなと仲良くなるぞ！　と、やる気満々のネギ先生。だけど、そんな彼の命を、生徒のエヴァンジェリンが狙っていて‥‥!?　日本に来てから最大のこのピンチ、果たしてネギは乗り切れるのか!?

仲直り（？）したエヴァンジェリンから、行方不明の父に会うヒントが京都にあると聞いたネギ。偶然にも修学旅行先が、京都・奈良と知り、思わず大コーフン!!　ワクワクドキドキの修学旅行だけど、京都では、恋に、魔法に、あの子の秘密にと、連続大トラブルが待っていた!?

修学旅行も二日目に突入!!　のどかから愛の告白を受けたり、朝倉に魔法使いだと正体がバレたり、ネギは大パニック!!　おまけに「ラブラブキッス大作戦」が3-A女子の間で計画され、ネギの唇争奪戦が繰り広げられることに!?

白い少年との魔法大戦に、“あの人”が！　――ついに関西呪術協会の総本山にたどり着き、ネギ一行は「仲直り」ミッションを成功させることに。しかもこの総本山が、このかの実家だったんですから……お泊まりを楽しむしかないっ。そう、朝倉・のどか・ハルナたちが、魔法で“石化”させられた姿を見る、その時までは……。もうこれ以上、生徒を巻き込めない！　独りぼっちで巨悪に向かうネギは、そして己の限界を知ることになる――。

嘘ッ、ネギがエヴァンジェリンに弟子入り宣言!?　――白い少年との魔法対決にて、自らの限界を知ったネギ。それでも「立派な魔法使い」を目指そうと、最大のライバル（!?）・エヴァに教えを乞う。困ったエヴァは、弟子入りを阻止するため、「茶々丸に一撃を入れること」という無茶なテストを提示する……。最大の敵は、ひ弱な自分。まき絵やクーフェイに励まされながら、ネギはいま、生まれ変わる！

少年は、「立派な魔法使い」になりたかった。ネギと父親の物語――。コソコソ密会しているエヴァとネギに、不審を感じたアスナたち。もしやエッチなことが……!?　と、エヴァの魔法空間に飛び込んだ女子たちは、ネギの知られざる一面を目撃することに。どうしてそんなに強くなりたいの……？　その答えは、ネギと父親の「宿命」の中にあるのだった！　感極まるアスナたちの前に、憎き宿敵・ヘルマンが現れて……。

乙女の欲は、海より深い!?　ラブコメ盛りな学園祭の始まりですよっ。――コスプレ少女が大暴れする世界一（!?）の学園祭・麻帆良祭は、集客なんと40万人。そんな大イベントともあれば、女子のハートを射止めまくりの魔性の10歳・ネギ先生は、生徒との約束だらけでてんてこ舞い。おまけに、タカミチ先生に憧れるアスナから、「恋の世界樹伝説」の練習台として選ばれちゃって……時間が何回来ても、足りませんっ！

のどかとネギが、「大人のキス」!?　タイムマシーンにお願いしちゃう、学園祭編！――モテモテゆえにスケジュールが超過密状態のネギ先生。時間が何度も来ればいいのに、と願っていたら……なるもんです！　謎の少女・超（チャオ）からもらったタイムマシーンのおかげで、のどかとのデートも上手に進行。のどかが、「大人のキスをしたい」と呪いをかける、それまでは。「恋の世界樹伝説」阻止班とのバトルもアツい、第１日目！

タイムマシーンを使い、なんとか学園祭１日目を無事終えたネギ。そして迎えた２日目は、まほら武道会本選からスタート！　本選出場者の半分以上が３－Ａ関係者という中、ネギの対戦相手は、なんとタカミチ!!　デスメガネの異名を持つタカミチに、ネギは勝つことができるのか!?

麻帆良祭で開かれている「まほら武道会」は大盛り上がり！　ネギも無事勝利し、次は明日菜（あすな）と刹那（せつな）のバトル！　というときに、謎の人物が現れた。見た目が魔法使いのようなこの人物、なぜか明日菜の過去も知っているらしく、謎は深まるばかり。果たして彼の正体は!?

まほら武道会で、順調に駒を進めるネギ。そんな彼に、謎の人物クウネル・サンダースが接触してきた！　 決勝まで来られたら「俺と戦わせてやる」と言われるが、その声は探し続けている父・ナギの声で、ネギは動揺してしまう!!　 動揺したまま迎えた準決勝、刹那（せつな）との対戦でネギは勝利を収めることができるのか!?

まほら武道会も無事終了!!　父との再会に思いを馳せたいネギだけど、武道会での活躍で目をつけられ、たくさんの人に追いかけられるはめに！　そのため茶々丸（ちゃちゃまる）や千雨（ちさめ）と逃げ回ったり、大人の姿になって亜子（あこ）とデートしたり、ドタバタのネギに一人になる時間はない!?

ついに憧れのタカミチとデートすることになったアスナ！　今日こそは告白するぞ！　と意気込むものの、どうも空回り……。その一方で、アスナたちのクラスメート・超（チャオ）は、学校をやめると急に言いだし、それを知ったネギは理由を聞きに駆けつけるが、何と超と闘うことに!?

超（チャオ）の陰謀により、世界に魔法がバレた状態の未来にタイムスリップしてしまったネギたち!!　 魔法先生たちにネギは捕まり、アスナたちはネギを救出すべく立ち上がる！　ネギが捕らえられている施設に、順調に突入するものの、アスナたちの前に立ちふさがる人物が！　それは、なんとタカミチ!?

「世界に魔法使いの存在をバラす計画」を阻止するため、超（チャオ）と戦うことを決意したネギたち!!　 彼らの打倒・超作戦がうまくいき阻止成功かと思いきや、超は当たった瞬間、３時間後の世界に転送されてしまうという銃弾で反撃開始！　次々と減っていく仲間たち。ついにその銃弾はネギをも襲う!!　 ネギに対抗策はあるのか!?

世界に魔法の存在をバラらさないために、ネギと超（チャオ）は壮絶な魔法バトルを繰り広げる!!　結果、ネギが超を打ち負かし無事に事態を回避した!!　計画が失敗し、未来へ帰ろうとする超を止めるネギ達。その気持ちを感じて、超が出した答えとは……!?

のーんびり楽しい夏休み突入！……のはずが、アスナは、ネギが無事ウェールズから戻ってこられるようにと、ネギを守るための「ネギま部」を結成！　エヴァンジェリンによる地獄の修業を行うことに!!　一方このかたち、他の部員も各自レベルアップするため修業を重ね、中学生らしからぬ夏休みを送ることに!?

厳し～い修業の合間をぬって、ネギたちは海で楽しく遊ぶことに!!　なぜか、クラスメートのほとんどが勢揃いし、それだけでも大騒ぎなのに、なんとウェールズからネギの幼なじみ・アーニャまでネギを連れ戻すためにやってきた！　そんなこんなで、みんなでネギの故郷・イギリスへ行くことになってしまい、一体どんな旅になることやら……!?

ついに「魔法世界」にたどり着いたネギたち。しかしそこに、強敵・フェイトが現れる!!　致命傷を負ってしまう、ネギ。急いで木乃香（このか）のアーティファクトで治療しないと、ネギの命が危ないんだけど……なんと武器やパクティオーカードが、すべて封印箱に入れられていて取り出せない！　治療NGという大ピンチのうえ、フェイトたちの容赦なき攻撃はつづいて……?

魔法世界でちりぢりになってしまったネギたち！　何人かとは合流できたものの、まだ会えない仲間を捜すため、年齢詐称薬を飲んで拳闘大会に出場し、お金を稼ぐという作戦をとる。さらにネギは、父である伝説の魔法使い「ナギ」の名前を名乗ったため、思いがけないことに巻き込まれてしまう!!

光の魔法と闇の魔法、どちらの修業をするか悩むネギに、ある巻物が渡された！　昔、エヴァンジェリンが記した「闇の魔法」の巻物で、闇を選ぶなら開けろとラカンから伝えられる。悩んだ末、闇を選んだネギ！　巻物を開けた瞬間、エヴァが出てきてネギに襲いかかる……!!

魔法世界・オスティア終戦記念祭で開かれる拳闘大会！　そこでバラバラになってしまった仲間達との再会を計画したネギは、早速、アスナと再会!!　ネギの父であるナギの仲間だったラカンや、アスナとすでに合流していた木乃香（コノカ）たちも集まり、これで一安心！のはずが、白髪の少年・フェイトが裏で動きだし、ネギ達は巻き込まれることに……!?

魔法世界で、ついに出会った宿敵・フェイトに対する怒りをあらわにするネギ！ だが冷静なフェイトは、なんとネギ達が無事、日本に帰れる条件を出してくる。その条件にネギは悩むが、実はその間にも、ネギの仲間たちに対し、フェイトは刺客を放っていて……!!

「紅き翼」メンバーのラカンから、ネギ達は、ネギの父親・ナギについてや、世界を守るために、宿敵・フェイト達と繰り広げた戦いを教えられる。当時から最強だったフェイトを打ち負かし、元の世界へ戻る決意をますます固めるネギ。だが、その時、ラカンが予想外な行動を起こし……!!

ついに始まった拳闘大会決勝！　奴隷になった亜子（あこ）たちを救うため、そして母のことを教えてもらうため、負けられないネギは、圧倒的な強さを誇るラカンと拳と拳の勝負を繰り広げる。切り札を次々使うネギに、勝算はあるのか!?　そして、ナギの姿で戦うネギを見つめる亜子。彼に恋している彼女、その心境はいかに!?

武道大会でラカンと引き分けたものの、無事、亜子（あこ）たちを奴隷（どれい）身分から解放したネギ！　ゲートを探索していたチームも合流し、「現実世界帰還作戦」がふたたび始動する――。そして、消息がわからなかった夕映（ゆえ）と偶然再会するのだが……。なんと夕映は記憶喪失。ネギたちのことがわからなくなっていた……!!

クルト・ゲーデル総督から、舞踏会に招待されたネギ達。だが、会場へ向かう途中に抜けたラカンは、宿敵・フェイトとの闘いを繰り広げることに!　一方、ネギとコタローは「今のうちに、未契約の子とパクティオーするように!」とパルに言われ、女の子達と大騒ぎになってしまう!!

MM総督・クルトから、両親の過去を教えてもらったネギ。母であるアリカが罠にかけられたことを知ったネギに、クルトは共に闘おうと迫る!　そして、ネギが出した答えは!?　一方、フェイトと闘うラカンは、ある事実を突きつけられ、大ピンチに陥る!!

無事に現実世界に戻るため、バラバラで第二合流地点へ向かうネギ達!　だが、ネギ達を助けてくれる魔法世界の人々が「完全なる世界」の魔法使いに、次々と消されてしまう!!　その時、のどかが自身のアーティファクトを駆使して、反撃を開始!!　消えてしまった人々を、取り戻す方法はあるのか!?　そして、フェイトと戦うラカンの運命は!?

闇の魔法（マギア・エレベア）の侵食と闘うネギを支えるのは、彼の仲間たち！ それに応えるべく、ネギは修業に精を出す。そして、亜子（あこ）たち運動部4人組も決戦の日に備えて、次々と仮契約（パクティオー）――!!　心強い味方と共に、世界の危機を救うため、白き翼（アラアルバ）は立ち上がる!!

魔法世界から現実世界へ戻ろうとするネギ達の前に、クラスメイトであるザジらしき人物が現れる！！敵か味方かわからないまま、彼女のアーティファクト“幻灯のサーカス”をくらったネギ達！！次の瞬間、麻帆良（まほら）学園にいることに気づき、愕然とする。そこは、フェイト一味が、魔法世界の人達を送り込んでいる「完全なる世界」なのだが、ネギは脱出することができるのか！？

ネギは、アスナ奪還と最後の鍵（グレートグランドマスターキー）を求め、デュナミスのもとから脱出を試みる！だが、デュナミスの急撃を受け、瀕死のダメージを負ってしまう。その攻撃がきっかけとなり、ネギへの闇の侵食が急増！！禍々しい姿になったネギは、我を忘れてデュナミスに襲いかかる！！世界を救うはずが、ピンチに追い込まれた白き翼（アラアルバ）メンバー！この危機を、どう乗り越えるのか！？

火、風、水のアーウェルンクスの猛攻、デュナミスの復活により、白き翼（アラアルバ）は全滅の危機に陥る。さらに、魔法世界も崩壊の兆しを見せ、世界を巻き込んだ大ピンチに！！だが、儀式を進めようとするフェイトの元に、復活したネギが現れる。魔法世界、現実世界の平和を守るため、ネギは全てを懸け、フェイトとの戦いに挑む！！

魔法世界の存続を懸けた、ネギとフェイトの闘いも最終局面へ！激しい戦闘のさなか、フェイトは自分が誕生したときのこと、そこで出会った人々のこと、そして自分が下した決断を思い出す。創造主への忠誠心を設定されず、思うがまま動けと言われてきたフェイト。彼が、最後に出した答えとは！？そして、ネギと3-Aのクラスメイトたちは、無事に明日菜を取り戻すことができるのか！？

魔法世界を救い、再び麻帆良（まほら）での平和な日常を取り戻したネギ達！だが、現実世界、魔法世界、両方の共存のため働くネギは、忙しい日々を送る。そんなネギの代わりに、3-A担任として現れたのは、なんとあの、フェイト！！戦々恐々とするクラスメイトを尻目に、フェイトはマイペースで麻帆良の生活を送り、振り回される生徒が続出することに！？

麻帆良（まほら）学園体育祭のどさくさに紛れ、ネギに告白する女子が続出！そんな中、何と、ネギに想い人がいることが発覚！？それが誰かを知るために、3-A強豪軍が、ネギに襲いかかる！！大ピンチのネギを、数少ない味方のアスナは守りきれるのか！？そして、世界の平和を守るため、アスナが100年の眠りにつく日が刻々と迫る。今までの楽しい日々に別れを告げ、迎えた未来とは！？