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魔法が現実の技術となって、一世紀 ──。　新入生の季節。この 『魔法科高校』 にも、一組の血の繋がった兄妹が入学した。　兄は、ある欠陥を抱える劣等生（ウィード）。　妹は、全てが完全無欠な優等生（ブルーム）。　どこか達観したような面持ちを見せる劣等生の兄と、彼に肉親以上の想いを抱える優等生の妹。二人がこのエリート校の門をくぐったときから、平穏だった学びの園で、波乱の日々が幕開いた。

どこか達観したような面持ちを見せる劣等生の兄と、彼に肉親以上の想いを抱える優等生の妹。一組の血の繋がった兄妹が、魔法科高校へ入学した。　成績優秀、才色兼備な妹・深雪が、主席入学生の慣例として魔法科高校の生徒会にスカウトされた。そして兄・達也も、とあるトラブルを払いのけた事件をきっかけに、違反行為を取り締まる風紀委員にスカウトされる。　劣等生《ウィード》にもかかわらず、風紀委員メンバーとなった達也。その活動中に、この学校を人知れず侵食する、謎の組織の存在を感じ取る。

七月中旬。『九校戦』 の季節。正式名称、『全国魔法科高校親善魔法競技大会』。そこでは毎年、全国から魔法科高校生たちが集い、熾烈な魔法勝負を繰り広げていた。　ここ第一高校でも、『九校戦』 の話題で持ちきり、校内は大いに沸き立っていた。　そして 『九校戦』 会場への出発当日。　類い希なる実力を持つ、将来の魔法師候補たちによる選手団が組織されていた。遠征メンバーには、『新人戦』 に参加する、一年生の主席生徒・司波深雪と、その兄・達也の姿もあった。競技に向け心を新たに意気込む深雪だが、一方で達也の表情は晴れず……。　『九校戦』 で勝敗を分かつには、選手の運動能力の他に、もう一つ重要なファクターがある。　それは、選手たちが持つCAD（術式補助演算機）の調整（チューニング）。　── 魔法の苦手な司波達也が、魔法の代わりに得意とする分野。　達也によって調整されたCADを手に、第一高校生徒による華麗なる圧勝劇、その幕が開く。

九校戦中盤の目玉、『新人戦』。　一年生のみで繰り広げられるこの競技は、第一高校の主席生徒・司波深雪の可憐かつ優雅な勝利を披露するステージでもあった。　兄である達也も、参加選手たちが使用するCAD（術式補助演算機）の技師としてチームに参加、妹の活躍する姿に頬を緩ませていた。　劣等生であるはずの達也が調整したCADによって、第一高校生徒の華麗なる圧勝劇が演じられる中、とあるアクシデントによって彼自身も九校戦の選手として参加する羽目になる。　魔法による直接戦闘競技 『モノリス・コード』 に出場することになった達也。対戦相手は、『クリムゾン・プリンス』 と呼ばれる第三高校一年生のエース・一条将輝だった。

今度の 『魔法科』 は特別編！ 達也と深雪の物語の裏で起こる、彼らの意外なエピソードが紐解かれる！　『夏の休日』 ── 達也に恋心を抱くほのかが気合いの一大決心。豪華なリゾート地で過ごす夜、達也を呼び出して……。　『友情と信頼とロリコン疑惑』 ── エリート魔法科生徒、一条将輝。友人・吉祥寺と共に過ごす彼のプライベートとは……？　『メモリーズ・オブ・ザ・サマー』 ── 達也と深雪が町にショッピングへと繰り出した。深雪は、まるでデートのようなこのシチュエーションに心躍らせていたが……。　ほか、三編を加えた全六編でお届け！

秋。『全国高校生魔法学論文コンペティション』 の季節がやってきた。日頃の研究成果を魔法装置を使った 『実演』 でプレゼンテーションするこの催し物は、九校戦で成績が振るわなかった学校の雪辱戦とも言える。魔法学、魔法技能、先端魔法技術を披露する最高の舞台だった。　達也は、第一高校の代表・鈴音のサポートメンバーとして参加、その魔法技能を如何なく発揮していた。　時を同じくして、暗躍する組織の影があった。諜報員、同じ魔法科高校の生徒、『大陸』 から来た暗殺者……。　達也の類い希なる頭脳と能力と、その 『成果』 を狙い、コンペティションはその陰謀に巻き込まれる ──。　華麗なる司波兄妹の活躍に、刮目せよ。

横浜で催される 『全国高校生魔法学論文コンペティション』。この魔法科高校生徒達の晴れ舞台に、突如謎の武装集団が侵入した。彼らの正体は、『大陸』 からやってきた大亜連合軍の魔法師とその機動兵器群。目的のためには市民殺害も厭わない武装軍によって大混乱に陥る中、司波達也は生徒会メンバーと共に次の行動を模索する。　同時刻。コンペ会場に、最新鋭魔法技術武装集団、国防陸軍第一〇一旅団独立魔装大隊が現れる。驚く真由美や克人を尻目に、劣等生・達也は大隊より、戦場の最前線へと向かうよう 『上官からの命令』 を受ける。訝しむ魔法科生徒達の中、「お兄様。ご存分に」「征ってくる」　深雪との 『儀式』 を終えた達也は、ついに、恐るべき“禁断の力”を解放する。

今から三年前。司波深雪にとって、忘れられない 『出来事』 があった。それから、深雪は変わった。兄との関係も。兄に向ける、彼女の心も ──。　中学一年生の司波深雪は、自分の兄が苦手だった。一体何を考えているのか分からないから。家族でありながら使用人同然の扱いを受けているにもかかわらず……全く意に介さない。兄と目が合えば、深雪の口からは、不機嫌な声が出てしまう。　そんな妹に、『ガーディアン』 として完璧に付き従う兄。そこには一切の油断もミスも無い。そして、一切の 『感情』 も。　理不尽だとは分かっていても、深雪は兄に苛立ちをぶつけることしか出来なかった。自分の、ただの我が侭だと分かっていても。　今とは全く異なる、達也と深雪の関係と、その心の中 ──。三年前、沖縄で起きた 『出来事』 によって、二人の心と、その運命が、大きく変わっていく。

司波兄妹にとって波乱続きだった西暦二〇九五年もあと一月。　そしてこの十二月にも、彼らが通う魔法科高校に 『激動』 はやってきた──。　深雪のクラスメイトである北山雫が、USNA（北アメリカ大陸合衆国）に留学することになった。この時代、ハイレベルの魔法師は、遺伝子の流出＝軍事資源の流出を避ける為に、政府によって海外渡航を制限（禁止）されている。にもかかわらず許可された理由、それは 『交換留学』 だからだ。　アンジェリーナ＝クドウ＝シールズ。　雫がアメリカに渡り、入れ替わりで魔法科高校に入学したのは、金髪碧眼の留学生。 「司波深雪に劣らぬ美貌」 と称される美少女、通称リーナだった。　彼女を見た達也は、瞬時にその 『正体』 に気づく。　リーナの本当の姿、それは大規模破壊兵器に匹敵する戦略級魔法師 「十三使徒」 の一人、USNAの魔法師部隊 『スターズ』 総隊長、アンジー・シリウス少佐。　魔法科高校にやってきた米軍最強の魔法師という 『火の粉』 を、司波達也はどう振り払うのか ──。

西暦二〇九五年十二月。雫との『交換留学生』として、USNA（北アメリカ大陸合衆国）からリーナが魔法科高校にやってきた。達也は、彼女が大規模破壊兵器に匹敵する戦略級魔法師「十三使徒」の一人であることを瞬時に見抜く。そして、同じ時期に東京で発生した『吸血鬼』事件――魔法師の血液を抜き取る連続傷害事件との関わりを探るのだった。　『吸血鬼』事件の全容は次第に明らかになりつつあった。達也のヒントと幹比古の古式魔法によって、『吸血鬼』の正体が『パラサイト』と呼ばれる『魔性』であることを突き止める。　しかし、別次元から意図せず招かれたその『来訪者』は、ついに魔法科高校に襲来した。その『吸血鬼』の正体（宿主）は、意外な人物で――！

ＵＳＮＡの最強魔法師部隊『スターズ』総隊長、アンジー・シリウス少佐こと、魔法科高校交換留学生・リーナ。彼女の訪日と同時期に発生した『吸血鬼（パラサイト）』事件は、彼らによる魔法科高校の襲撃、達也によるその撃退という結末で幕を閉じた。　しかし『パラサイト』本体は『宿主』から抜け出しこの世界を漂い続け、そして次の宿主を見つけ出した。　ヒューマノイド型ホームペルパーロボット。　付近にいた光井ほのかのパターンをコピーしたパラサイト＝ピクシーは、その生まれから、達也に付き従うことを決める。　ピクシーからの情報により、『パラサイト』をより深く理解した達也は、深雪らを連れ、残りの『パラサイト』を退治すべく、夜の青山霊園へと赴く。しかしその行動は、さらなる暗躍勢力をあぶり出す結果となり――。　『最強の魔法師』と別次元からの『来訪者』を巡る激突は、魔法科高校を舞台に最終決戦を迎える！

西暦二〇九六年四月。司波達也と深雪は二年生に進級した。今までの目覚ましい活躍と実績が考慮され、今年度から新設された魔法工学科コースの生徒となった達也は、深雪の意向で彼女と同じく生徒会副会長にも抜擢される。　今年こそ、深雪と共に平穏な学校生活を……と考えていた達也だったが、『新入生』たちはそれを許さなかった。　七宝琢磨。入試成績トップとして、今年度の新入生総代を務めた『エリート』で、十師族の脇を固める師補十八家の一つ『七宝家』の長男。　七草香澄、七草泉美。十師族のひとつ『七草家』の長女・七草真由美の双子の妹たち。　同じの数字を持つ『ナンバーズ』の三人が、魔法科高校で波乱を巻き起こし――。新展開突入！

西暦二〇九六年、七月。今年も、魔法科高校生にとって夏最大のイベントである全国魔法科高校親善魔法競技大会、通称『九校戦』が開催される。しかし今年の『九校戦』はひと味違っていた。　競技種目及びルール改定。　本番まで残すところ一ヶ月の段階でもたらされた何の前触れもない大幅変更に、魔法科高校各校は慌ただしい対応を迫られる。　そんなある日、九校戦の作戦立案に当たっていた達也の元へ、匿名のメッセージが届けられる。　それは、九校戦を舞台とした新たな陰謀の存在を示唆するもので――。　華やかな競技の裏で繰り広げられる暗闘。昼なお暗い富士の人工樹海を駆け抜ける達也が、背信の陰謀に挑む！　『二学年度の部』九校戦編登場！

『九校戦』の“裏側”で起こった『パラサイドール』事件の黒幕の一人・周公瑾は、横浜から逃亡し、京都を中心とする古式魔法師集団「伝統派」の元に潜伏、姿をくらました。　そして二ヶ月が経ち──。　『全国高校生魔法学論文コンペティション』の季節がやってきた。新京都国際会議場で開催される日本魔法協会主催『論文コンペ』の一高代表に選ばれた達也の許へ、四葉真夜の書状を携えた黒羽姉弟が訪れる。手紙の内容は「周公瑾の捕縛に協力して欲しい」という要請だった。　何故、いつもの『命令』ではなく『依頼』だったのか疑問を覚えながらも、達也と深雪は「伝統派」の対抗勢力の中心である九島家を目指す。そこで、二人は『作られた天才魔法師』との運命の出会いを果たし……。　古都を舞台とした謀略と暗闘。魔法師開発の歴史の裏で燻り続けてきた因縁に、達也と深雪とその仲間たちが挑む。

全国高校生魔法学論文コンペティションを間近に控えた九月下旬。四葉家当主・四葉真夜による「横浜から逃亡した周公瑾の捕縛に関する協力依頼」を受け、京都に来た司波兄妹は、九島家を訪れる。　そこで達也たちは深雪と同質の美貌を持つ少年魔法師、九島光宣に出会う。その光宣と共に周の捜索を行うも、手がかりは未だ掴めてはいなかった。　そんな折、七草家のボディガード・名倉の訃報が達也たちのもとへ届く。京都の桂川河畔にて斃れたという名倉の弔い合戦として、周捜索に真由美も参戦、事態は動き出す。　そして、ついに周の潜伏先を突き止めた達也は、とある過去の強敵（ライバル）へと連絡を取るのだった。　『クリムゾン・プリンス』一条将輝、『四葉の最終兵器』司波達也が共闘！　緊迫の古都内乱編、完結！

司波深雪の許へ、四葉本家から、一族の有力者が顔を揃える新年の集い「慶春会」の招待状が届く。例年と違い、そこには「元旦に必ず出席すること」という指示が添えられていた。それを見て深雪は、「遂にこの時が来た」という予感を覚える。　四葉家次期当主の指名。　――自分が後継者に選ばれれば、兄も日陰者に甘んじなくて済む。　――次期当主の地位にはきっと、それに相応しい「婚約者」が付いてくる。　深雪の心は千々に乱れる。　何者かによる妨害も退け、ようやく四葉本家へ出頭した達也たちは、現当主・四葉真夜の、蠱惑的な笑みで迎えられ、そしてその夜、真夜の口から「深雪は貴方の妹ではない」という衝撃的な「嘘」が達也に告げられる。　それは、兄を恋愛対象として意識してもよいという意味であると受け取った深雪の心境は……ついに兄と妹の関係に急展開が!?

司波深雪が次期四葉家当主となることが「慶春会」にて決定され、同時に達也と深雪の婚約が公表された。　すぐさま、その婚約について一条家より異議が申し立てられる。深雪へ、将輝との婚約を申し込んだのだ。　一方、魔法科高校。　達也と深雪に血の繋がりは無いという「建前」が公表され、ほのかは大きなショックを受ける。幹比古と美月は達也たちとぎくしゃくしてしまうなど、衝撃が走っていた。それはいつしか、深雪と達也を敬遠する空気となり……。　そんな中、世界中の魔法師が注目する十師族選定会議が開会される。厳粛な協議の結果、『十師族』は再び決定された。　――その刹那、謎の爆発が会場を襲う。　魔法師による自爆テロ。この卑劣な作戦を企てたのは、あの『賢人』だった。　同じ頃、米軍最強の魔法師部隊も動き出しており……！

世界中の魔法師が注目する師族会議は、何者かによる自爆テロによって幕を下ろした。この残酷な計画は、死体を操る魔法によって引き起こされていた。この魔法を手がかりに、企てた黒幕を追う達也。世論では、この事件によって、魔法師を糾弾する『人間主義』の勢力が日々拡大しつつあった。　そして、「四葉家の司波達也殿がお前と同様、十文字殿の下で捜索に加わる。将輝、意地を見せろよ」　そう一条剛毅に発破をかけられた将輝は、『テロの黒幕』捜査メンバーである達也に対抗するように東京へ向かうのだった。そして、深雪に『婚約』を申し込んでいる将輝は、思い掛けない手を使って深雪にアプローチを試み……。　一方、絡まり合う人間模様と、日々悪化していく社会情勢の中、ついに『黒幕』の手掛かりを掴んだ達也。しかし彼の前に、思わぬ『第三の勢力』が立ち塞がる……！

死体を操る魔法で自爆テロを敢行させるという残酷な計画を企てた魔法師・顧傑（グ・ジー）は、気配を消して日本に潜伏していた。この自爆テロ事件によって、世論が魔法師を糾弾しはじめ、人間主義の勢力が勢いづく中、十師族は黒幕の捜査を決める。克人、真由美、将輝と協力して達也は顧傑の行方を探す。米軍最強の魔法師部隊スターズのナンバー・ツー、ベンジャミン・カノープス少佐も参戦するこの『顧傑』争奪戦は、思わぬかたちで達也を『激怒』させ……！

二〇九七年三月。あずさ、五十里、花音、服部、桐原、紗耶香という魔法科高校卒業生組メンバーが卒業旅行を企画していた。場所は、沖縄。折しも、雫とほのかが深雪と達也を誘った旅先――久米島沖の人工島『西果新島（さいかしんとう）』竣工記念パーティーと同じだった。そして、達也と深雪も、彼らと旅先を共にする『ミッション』を課されていた。大亜連合軍を脱走した秘密工作魔法師のテロ活動の阻止。達也はこの作戦を未然に防ごうと、独立魔装大隊と合流するが……そこには、かつて敵対していた『予想外の魔法師』が同席していた。達也による冷静・冷酷なテロ防止活動の傍ら、五十里＆花音、桐原＆紗耶香の仲良しカップルは卒業旅行を堪能！　そして、あずさと服部も？　さらには、ほのかの達也への恋心も爆発し!?　魔法科高校の卒業旅行、そして春休みのバカンスは、一筋縄ではいかない波乱の旅！

二〇九七年三月。南米大陸で戦略級魔法『シンクロライナー・フュージョン』が使用された。それを契機に、世界に吹き荒れる動乱の嵐が、日本にも押し寄せようとしていた。翌月。国立魔法大学付属第一高校三年生に進級した達也と深雪の元に、十文字家当主・十文字克人からの招待状が届く。十師族、師補十八家の若手を集めて、自分たちを敵視する風潮に魔法師としてどう対処すべきかを話し合う為の会議に二人を招待する正式な書状。それが達也を、更なる波乱の日々へと誘う。

二〇九七年四月。横浜で行われた、十師族及び師補十八家の後継者たちを集めた会議での達也の振る舞いは、他家との軋轢を生む。“全ては深雪を守るため”の達也の判断を支持する真夜。しかし、同時に他家への警鐘を鳴らす――特に、十文字家と十山家への警戒を強めるのだった。時を同じくして、十師族『三矢家』の少女、三矢詩奈が行方不明に!?　彼女を捜索する矢車侍郎と第一高校のメンバーたち。その裏には国防陸軍所属の遠山つかさの暗躍の影があった――。“人間”と魔法師の共存。魔法師に集まる人々の懐疑心が、彼らの状況を一変させ、そして動乱の渦へと巻きこんでいく。

二〇九七年四月末。戦略級魔法の使用はブラジル軍だけにとどまらず、ギニア湾岸にて大亜連合により戦略級魔法『霹靂塔』が使用される。魔法が戦火を拡大し、世界を包んでいく。魔法を使った者への非難。魔法を作った者への非難。魔法師への逆風が強まる中、魔法の平和的利用として、ＵＳＮＡの研究者であるエドワード・クラークから『ディオーネー計画』という壮大な宇宙開発プロジェクトが提案される。そして、選ばれた人員の中にはトーラス・シルバーの名前が。これをきっかけに達也がトーラス・シルバーであることが白日の下にさらされてしまうのだった――。達也と深雪に新たな試練の時が訪れる。

「トーラス・シルバーは、国立魔法大学付属第一高校三年生、司波達也氏である」
　七賢人の一人レイモンド・クラークによるビデオメッセージは日本だけでなく、世界中に大きな波紋を投げかけた。
　そして、実質の魔法師追放計画ともいえる『ディオーネー計画』。達也はこれに対抗すべく兼ねてより研究をしていた恒星炉を用いたプロジェクト『ESCAPES計画』を発表する。
　それは深雪のため、魔法師の未来の為、達也が選んだ道であった。
　時を同じくして、滅んだはずの周公瑾と対決する光宣。さらに、十三使徒の戦略級魔法が達也を捉える!?　達也と深雪に最大の危機が訪れようとしていた――。

十三使徒の戦略級魔法に襲われた達也と深雪は辛くも生還を果たす。だが、水波は、かつて同じようにして達也を守った穂波のように生命の危機に立たされてしまうのだった――。
　そして、守るべきものと、自らの望みのためパラサイトという禁断の力を求める光宣。
　彼の選択は未来を揺るがすのか――!?
　達也と光宣、規格外な二人の魔法師がついに対峙する。
　そして、同じ頃、スターズではリーナ暗殺を目的とした叛乱が勃発!?
　魔法師の未来は如何に――物語はクライマックスへと、突き進む!!

リーナが達也の許にたどり着く七十一時間前。ニューメキシコ州スターズ本部基地で起きた叛乱により、同隊ナンバーツーのカノープスは窮地に追い込まれる。
　一方、リーナは達也と深雪の手引きにより、四葉家が実質的に支配する三宅島の東約五十キロの海上に浮かぶ『巳焼島』へと潜伏先を移す。
　そして、再度、水波を連れ出すために病院襲撃を開始する光宣。それに対峙する七草三姉妹は彼を阻止できるのか!?
　侵攻する脅威――、　侵入する悪意――。
　全世界の魔法師たちがぶつかり合おうとする時、達也の力が試される!!

西暦二〇九七年七月。激化するパラサイトと光宣との戦いに備え、達也は新魔法『封玉』の完成を目指し鍛錬を続ける。
　同じ頃、世界規模の魔法師の衝突もある転機を迎えつつあった。
　南下を開始する新ソ連艦隊が日本に迫る。そして、これを迎え撃つため、一条将輝と吉祥寺真紅郎が行動を開始。果たして因縁の敵を退けられるのか――!?　
　一方、リーナが潜伏する巳焼島に、パラサイトと同化したかつての同胞、スターズが上陸。ついに激突の火蓋が切られるのであった。
　戦略級魔法師が日本に集結!!　物語はクライマックスへと加速していく――

光宣による水波の奪取を許してしまった深雪――。達也は、助けを求める深雪の声に応え巳焼島を飛び立つ。
　光宣に魔法を放つことができなかったことを悔いる深雪。最も忠義を尽くす深雪を前にして、光宣を背中に庇ってしまったことを責める水波。
　すれ違ってしまった二人は自責の念を抱え、思い悩んでいた。
　そして、それぞれの思惑を抱いた、達也、十師族、さらに九島 烈の仇を討たんとする通称「抜刀隊」が光宣の大追跡を開始する!!
　そんなとき、フリードスーツを纏い空を疾走する達也に魔の手が迫っていた。

二〇九七年七月。達也は富士樹海に潜伏する光宣を追い、張り巡らされた結界『蹟兵八陣』を破る方法を思案していた。
　一方、USNA軍非合法魔法師暗殺者小隊『イリーガルMAP』が達也の暗殺に動き出す。その魔の手は彼の友人たちにも向けられることに――。
　さらに達也の前に立ち塞がる刺客・藤林長正。希代の忍術使いであり亡霊を操る強敵を前にして、ついに精神体をも消滅させる達也の新魔法『アストラル・ディスパージョン』が放たれる!!
　水波救出のため、猛進する達也。しかし彼の前に次は『あの男』が『最悪の敵』となって立ちはだかる――!?

水波を連れ、日本を脱した九島光宜。パラサイト化したレイモンドと共に、USNA軍基地のある北西ハワイ諸島を目指す。
　一方、九重八雲という意外な伏兵によって追跡を阻止された達也だが、彼は水波のことを諦めてはいなかった。必ず連れ戻す、と深雪と約束したからだ。
　光宜とレイモンドが逃れた先。そこは奇しくも、リーナが救出を願うカノープス少佐が幽閉されたミッドウェー監獄に近い、パールアンドハーミーズ米軍基地。
　パラサイトを滅す新魔法『アストラル・ディスパージョン』を習得した達也が、水波と、そしてカノープス奪還のため、USNA軍基地を隠密裏に強襲する……!!

水波を奪還し、今までの日常に戻りつつある達也と深雪。しかしそれはつかの間のものでしかなかった。
　USNAのエドワード・クラークは焦りを覚えていた。達也を無害化するための謀略に対する達也の警告。このままではUSNA内での立場が危うくなり、それを回避するには達也を斃すしかないと。
　そして、新ソ連のベゾブラゾフも復讐の機会をうかがっていた。二度にわたる達也への攻撃が失敗に終わり、自身の戦略級魔法のためのCADまで破壊され、この雪辱に執念を燃やしていた。さらにもう一人の戦略級魔法師も達也へ狙いを定める！
　それぞれの思惑は巳焼島で交差する――。

達也の元に届いた九島光宜からの挑戦状。パラサイトを制御下に置くだけにとどまらず、かつて達也を苦しめた周公瑾の知識も獲得した光宜は、病身という唯一の欠点すら克服し、日本へ戻ってきた。
　彼の狙いはただ一つ。愛する少女・水波の救済。
　一方、水波を救いたいと願う達也と深雪の気持ちもまた光宜と同じだった。しかし、両者の信念の違いから、激突は避けられそうになかった。
　名実ともに『最強の魔法師』となった達也と、人外と亡霊の力を宿した『最強の敵』となった光宜。
　二人は、決戦の地、東富士演習場で激突する！
　魔法科高校入学から三年。達也と深雪が過ごした波乱の高校生活に、ついに幕が下りる。
　そして、二人の恋の行方は――。